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Western Blot實(shí)驗(yàn)的進(jìn)化:從管家蛋白到總蛋白歸一化

更新時(shí)間:2020-09-28 17:30:53點(diǎn)擊次數(shù):3891次字號(hào):T|T
總蛋白歸一化(Total protein normalization)是目前最可靠的WB實(shí)驗(yàn)蛋白歸一化方法??偟鞍讱w一化在靈敏度,可重復(fù)性方面均優(yōu)于看家蛋白實(shí)驗(yàn)方式,研究者需要熒光成像系統(tǒng)和熒光染料標(biāo)記的二抗,就可以進(jìn)行總蛋白歸一化精確定量上樣蛋白。

        1979年首次發(fā)表以來(lái),Western BlotWB)實(shí)驗(yàn)一直是測(cè)定復(fù)雜生物樣品中蛋白質(zhì)相對(duì)表達(dá)的一項(xiàng)關(guān)鍵技術(shù)。隨著實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展和技術(shù)的進(jìn)步,文章發(fā)表越來(lái)越注重標(biāo)準(zhǔn)化和數(shù)據(jù)的可重復(fù)性。歸一化是WB實(shí)驗(yàn)中重要的內(nèi)部控制過(guò)程,通過(guò)簡(jiǎn)單的數(shù)學(xué)運(yùn)算,降低泳道之間和樣品之間難以避免的上樣差異。通常WB實(shí)驗(yàn)的內(nèi)參為不受實(shí)驗(yàn)影響的內(nèi)源性蛋白。將內(nèi)參蛋白作為上樣濃度的指標(biāo)。

大部分WB實(shí)驗(yàn)都使用管家蛋白(Housekeeping proteins)作為內(nèi)參蛋白,通常使用的管家蛋白為:肌動(dòng)蛋白(如:β-actin),微管蛋白(如:α-tubulin),3-磷酸甘油醛脫氫酶(GAPDH)。通常,這些管家蛋白在細(xì)胞和組織中高度表達(dá),但是管家蛋白在實(shí)驗(yàn)中也經(jīng)常受到病理?xiàng)l件和實(shí)驗(yàn)條件的影響。例如,細(xì)胞匯合度(Cell Confluence),上樣蛋白總量和細(xì)胞/組織類(lèi)型都有可能影響看家蛋白的表達(dá)水平。例如,NIH3T3成纖維細(xì)胞中細(xì)胞匯合度從10%增加到100%的過(guò)程中(細(xì)胞瓶長(zhǎng)滿的過(guò)程),α-tubulinGAPDH表達(dá)明顯增加。WB實(shí)驗(yàn)在較大的總蛋白量上樣量條件下,β-actin的一抗會(huì)無(wú)法檢測(cè)蛋白含量變化。不同的研究如果使用的看家蛋白不一致,很難進(jìn)行相互之間的比較,數(shù)據(jù)分析和解釋也會(huì)不準(zhǔn)確。如果研究人員希望使用看家蛋白作為歸一化方式,還需要驗(yàn)證這個(gè)看家蛋白不受實(shí)驗(yàn)條件的影響。因此一種不受實(shí)驗(yàn)條件影響的,統(tǒng)一的歸一化方法顯得非常有必要。

總蛋白歸一化(Total protein normalization)是目前最可靠的WB實(shí)驗(yàn)蛋白歸一化方法??偟鞍讱w一化在靈敏度,可重復(fù)性方面均優(yōu)于看家蛋白實(shí)驗(yàn)方式,研究者需要熒光成像系統(tǒng)和熒光染料標(biāo)記的二抗,就可以進(jìn)行總蛋白歸一化精確定量上樣蛋白。一般來(lái)說(shuō),總蛋白歸一化適合高表達(dá)量和低表達(dá)量的目的蛋白檢測(cè),常見(jiàn)的看家蛋白僅僅適合高表達(dá)量的目的蛋白檢測(cè)。如果一定要使用看家蛋白進(jìn)行WB實(shí)驗(yàn),現(xiàn)在的期刊要求研究者:1)測(cè)定看家蛋白和目的蛋白的線性范圍,2)在不同的實(shí)驗(yàn)條件下證明看家蛋白不受到實(shí)驗(yàn)條件影響,3)補(bǔ)充信息驗(yàn)證一抗的特異性,或者建議至少使用兩種看家蛋白,一種表達(dá)量高,一種表達(dá)量低,作為內(nèi)參進(jìn)行歸一化。由于實(shí)驗(yàn)課題通常包含多個(gè)目的蛋白的檢測(cè),多次重復(fù)看家蛋白的標(biāo)準(zhǔn)曲線會(huì)增加相當(dāng)大的工作量,因此使用蛋白歸一化可以減少工作量,節(jié)約研究者寶貴的時(shí)間。

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1. 證實(shí)了β-actin和β-tubulin在病理組織中表達(dá)改變。 SMA脊髓提取物中檢測(cè)肌動(dòng)蛋白和微管蛋白。 A.綠色(42 kDa)的β-actin條帶與總蛋白染色的凝膠(紅色)重疊。 B.以總蛋白染色的凝膠(紅色)覆蓋綠色(60 kDa)的β-tubulin條帶。 C.當(dāng)比較SMA小鼠(SMA)與野生型對(duì)照(WT)時(shí),β-actin(黑色條)和β-tubulin(灰色條)的表達(dá)水平的百分比變化的定量結(jié)果。 總蛋白染色(白條)用作對(duì)照。

 

很多文章將總蛋白歸一化與常見(jiàn)的看家蛋白進(jìn)行比較,證明了在定量WB實(shí)驗(yàn)中,相同的上樣量條件下,常見(jiàn)的看家蛋白會(huì)在組織中差異表達(dá)。例如,在脊髓性肌萎縮癥小鼠模型中,與健康野生小鼠相比,疾病組β-actin和β-tubulin在脊髓組織中的表達(dá)量都會(huì)減少,β-actin表達(dá)降低了19.3±2%,β-tubulin表達(dá)降低了7.3±0.5%。如果使用了β-actin作為WB實(shí)驗(yàn)的看家蛋白作為內(nèi)參,WB的定量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)果可能偏離了20%看家蛋白作為上樣內(nèi)參(Loading control)的時(shí)候,線性范圍非常窄,極大的限制了研究者的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),難以滿足WB實(shí)驗(yàn)的定量需求。

 

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3. 蛋白質(zhì)稀釋系列的定量顯示β-actin(黑色圓圈)和β-tubulin(空心三角形)的線性范圍。 β-tubulin的線性范圍<10μg

 

看家蛋白的表達(dá)差異不僅存在于神經(jīng)系統(tǒng)中,在骨骼、脂肪和內(nèi)部器官在內(nèi)的多種組織中,都能檢測(cè)到看家蛋白的表達(dá)差異。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,在心臟和脾臟組織之間觀察到了β-actin表達(dá)差異最為明顯。在幾乎相同的蛋白上樣量的實(shí)驗(yàn)條件下,β-actin表達(dá)量出現(xiàn)了明顯的差異表達(dá),如果這些實(shí)驗(yàn)均使用β-actin作為看家蛋白歸一化,引入的誤差可能相差20%以上。因此,研究結(jié)果和期刊雜志都建議使用總蛋白表達(dá)量作為蛋白上樣量的指標(biāo),從而對(duì)多種組織和實(shí)驗(yàn)中的表達(dá)結(jié)果進(jìn)行比較和分析。

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2. β-actin表達(dá)的比較分析在廣泛的組織中變化很大。A.評(píng)估β-actin表達(dá)的組織樣品的代表性圖像。 從左到右:肌肉(腓腸?。?,心臟,骨骼(股骨),顱骨,脾臟和脂肪(性腺)。 比例尺= 1 cm。 B. 定量WB實(shí)驗(yàn)顯示了肌肉,心臟,骨骼,顱骨,脾臟和脂肪提取物中的β-肌動(dòng)蛋白表達(dá)(綠色)存在很大差異。 總蛋白染色凝膠圖像(紅色)覆蓋在作為對(duì)照。 C.對(duì)于不同分子量范圍的總蛋白質(zhì)測(cè)量結(jié)果表明,在不同組織樣品中蛋白質(zhì)上樣的準(zhǔn)確性。 D.堆疊的條形圖,顯示了所檢查的每個(gè)組織的β-actin(綠色條)和總蛋白質(zhì)測(cè)量值(紅色條)的比較變異性。

 

 

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4. (左圖)AzureRed與三種目標(biāo)蛋白質(zhì)同時(shí)成像。 在Azure成像系統(tǒng)上成像。 (右圖)與普通管家蛋白相比,AzureRed具有更寬的線性動(dòng)態(tài)范圍。

 

Azure Biosystem公司的AzureRed總蛋白染色,對(duì)Western Blot實(shí)驗(yàn)流程造成最小干擾的情況下,研究者可以輕松地對(duì)總蛋白進(jìn)行染色和歸一化。在定量檢測(cè)WB實(shí)驗(yàn)中,明顯優(yōu)于常規(guī)的看家蛋白,高重復(fù)性,寬動(dòng)態(tài)范圍,使得AzureRed總蛋白染色非常適合研究人員進(jìn)行中蛋白歸一化。

簡(jiǎn)單—AzureRed是可逆的染料,與基于下游抗體的檢測(cè)兼容
一致—AzureRed發(fā)出的信號(hào)可再現(xiàn),不受組織類(lèi)型和實(shí)驗(yàn)條件的影響
準(zhǔn)確—AzureRed在寬動(dòng)態(tài)范圍(> 3 logs)內(nèi)呈線性,可實(shí)現(xiàn)可靠的定量
靈活— AzureRed可與熒光標(biāo)記的抗體以及化學(xué)發(fā)光檢測(cè)系統(tǒng)一起使用

 

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Azure Biosystems通過(guò)高性能的成像系統(tǒng),分析軟件和高靈敏試劑,提供一致的Western Blot實(shí)驗(yàn)流程。成像系統(tǒng)為您提供研究所需的靈活性,定量Western Blot解決方案幫助您更好的完成實(shí)驗(yàn)。

 

● 雙激光近紅外——近紅外采用激光光源,激發(fā)強(qiáng)度大,單色性好,減少光泄露,圖像信噪比高。

● 配置應(yīng)用靈活——有不同型號(hào)可選擇,全面升級(jí),同時(shí)配合AzureRedTotal ProteinQ全蛋白染色試劑,可進(jìn)行全蛋白定量,更符合雜志發(fā)表要求。

● 四通道熒光同時(shí)成像——可同時(shí)在一張印膜上檢測(cè)4種蛋白,無(wú)需剝離和二次孵育。

● 高分辨率快速成像——9.1MP像素,2min完成深度制冷,無(wú)需等待,即插即用。

● 彩色圖片成像——可進(jìn)行彩色Marker與化學(xué)發(fā)光條帶自動(dòng)整合,分子量查看更加直觀。

● 觸屏電腦操控——13.3英寸尺寸觸摸屏,界面更加友好,使用更方便。

 

(編輯:恩科生物)
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